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技術原理
在活細胞狀態下固定蛋白質-DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
適用研究
1.篩選調控蛋白在基因組上的結合靶點:針對轉錄因子、DNA/RNA聚合酶、轉錄復合物等調控因子蛋白進行特異性的富集，分離純化與之結合的靶DNA 片股并測序，分析篩選到有效的靶位點、靶基因數據
2.揭示差異化表觀遺傳變異的原理:通過對不同表型組織內組蛋白、轉錄因子蛋白及其他結合蛋白進行染色質免疫共沉淀測序并定量分析靶基因表達調控水平或針對同種組蛋白進行甲基化、磷酸化、泛素化修飾所導致的結合位點變異進行分析，即可揭示差異化表觀變異原理;
3.研究表觀遺傳變異疾病:借助染色質免疫共沉淀測序技術結合生物信息分析揭示由蛋白與DNA相互作用變異而引
起的疾病的原理，明確表觀遺傳修飾在癌癥等表觀遺傳變異疾病的發生發展過程中的具體作用機制。
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